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Il succède sur cette chaire à Charles Rist. Victime des lois raciales de Vichy, il est révoqué en octobre 1940. Décision notifiée en Assemblée Générale du 10 octobre 1940. Aftalion fera une demande de transfert à l'Université de Toulouse qui sera refusée. Il s'est toutefois réfugié à Toulouse durant quatre années.